Direktor zavoda organizira in vodi strokovno delo in poslovanje zavoda, predstavlja in zastopa zavod in je odgovoren za zakonitost dela zavoda.
Direktorja imenuje in razrešuje svet zavoda s soglasjem ministra, pristojnega za socialno varstvo, po predhodnem mnenju pristojnega organa lokalne skupnosti, v katerem ima zavod sedež.
Mandat direktorja traja pet let in je lahko ponovno imenovan.
Od decembra 2006 je direktorica VDC Kranj Mirjana Česen (4. mandat – 2022-2027).
Za zagotovitev učinkovitega vodenja in poslovanja lahko direktor, kot svoje posvetovalno telo, sklicuje poslovni kolegij, ki ga sestavljajo vodje enot, strokovni sodelavec- pravnik, vodja računovodstva in tehnolog.
Za zagotavljanje sledenja potrebam uporabnikov in njihovim predlogom, lahko direktor, kot svoje posvetovalno telo, sklicuje kolegij uporabnikov.
Posvetovalni organ direktorja je tudi Svet uporabnikov, zakonitih zastopnikov oz. skrbnikov (v nadaljevanju: SUZS), ki zagotavlja po teritorialnem načelu organizirano uresničevanje interesov uporabnikov ter v zvezi s tem daje pobude in predloge drugim organom zavoda.
